Jotkut mangan ja animen tärkeimmistä eroista ovat:
* Tapahtumien järjestys on erilainen. Mangassa jotkut tapahtumat tapahtuvat aikaisemmin tai myöhemmin kuin animessa. Esimerkiksi mangassa Teito Klein tapaa Fraun ensimmäisessä luvussa, kun taas animessa he tapaavat vasta jaksossa 8.
* Jotkin merkit ovat erilaisia. Mangassa on joitain hahmoja, jotka eivät näy animessa, ja jotkut animessa esiintyvät hahmot eivät näy mangassa. Esimerkiksi Ceresin hahmo ei näy mangassa, kun taas Mikagen hahmo ei näy animessa.
* Loppu on erilainen. Mangalla ja animella on eri loppu. Mangassa Teito Kleinin ja Fraun matka päättyy eri tavalla kuin animessa.
Kaiken kaikkiaan 07-Ghost manga ja anime ovat kaksi erillistä tulkintaa samasta tarinasta. Vaikka niillä on joitain yhtäläisyyksiä, näiden kahden version välillä on myös monia eroja.