Koko kirjan ajan jästisyntyisten opiskelijoiden salaperäisiä kivettymiä tapahtuu Tylypahkan alueella, jolloin he jäätyvät kuin kivipatsaat. Harry yhdessä parhaiden ystäviensä Ron Weasleyn ja Hermione Grangerin kanssa ryhtyy ratkaisemaan näiden hyökkäysten mysteeriä ja estämään opiskelutovereilleen kohdistuvan lisävahingon.
Polku johdattaa Harryn ja hänen ystävänsä erilaisiin haasteisiin ja löytöihin, kuten arvoitusten tulkitsemiseen ja maagisten esteiden ja ansojen kohtaamiseen, kun he kilpailevat aikaa vastaan ratkaistakseen Salaisuuksien kammioon liittyvän mysteerin. Lopulta Harry kohtaa Slytherinin perillisen ja kammioon piilotetun olennon, mikä johtaa viimeiseen jännittävään yhteenottoon vaarallisten maagisten vaarojen keskellä.