Joitakin Pokémoneja on kuitenkin vaikeampi löytää tai ne vaativat erityisiä olosuhteita, mikä tekee niistä haastavampaa hankkia. Tässä on joitain esimerkkejä:
* Legendaarinen Pokémon: Rayquaza on tarinan pääpaino, ja se on ainoa legendaarinen Pokémon, joka on saatavilla pelissä. Vaikka se ei ole teknisesti "harvinainen" saatavuuden kannalta, se on varmasti haaste saada kiinni.
* Shadow Pokémon: Nämä ovat olemassa olevien Pokémonien erikoisversioita ainutlaatuisilla kyvyillä ja ulkoasuilla. Jotkut varjo-Pokémonit, kuten Shadow Lugia tai Shadow Mewtwo, ovat saatavilla vain tiettyjen tapahtumien tai kaupankäynnin kautta.
* Pokémonit, jotka edellyttävät erityisiä ehtoja: Tietyt Pokémonit, kuten Eeveelutions, voivat ilmestyä vain tietyissä olosuhteissa, kuten tiettyinä kellonaikoina tai tietyissä paikoissa.
Loppujen lopuksi Pokémonin "harvinaisuus" XD:Gale of Darknessissa riippuu määritelmästäsi ja siitä, mitä pidät haastavana hankkia.