Tässä syy:
* Eri sukupolvet: Pokémon Crystal on Generation II -peli (julkaistu vuonna 2000), kun taas Pokémon Ruby on Generation III -peli (julkaistu vuonna 2002).
* Yhteensopimattomat kaupankäyntijärjestelmät: Kauppajärjestelmät kahden sukupolven välillä ovat pohjimmiltaan erilaisia. He käyttävät erilaisia kommunikaatioprotokollia ja tietorakenteita Pokémonien tallentamiseen ja siirtoon.
Siksi suora kauppa Pokémon Crystalin ja Pokémon Rubyn välillä ei ole mahdollista.