* 1567: Aviomiehensä Lord Darnleyn kuoleman ja avioliiton Earl of Bothwellin kanssa Mary pakotettiin luopumaan Skotlannin valtaistuimesta ja hänet vangittiin Lochlevenin linnaan. .
* 1568: Hän pakeni Lochlevenin linnasta, mutta hävisi Langsiden taistelussa ja pakoi Englantiin, missä hänet vangittiin loppuelämänsä ajan. Häntä pidettiin alun perin Carlislen linnassa.
* 1568-1572: Hänet siirrettiin Bolton Castleen ja sitten Sheffield Castleen.
* 1572-1587: Mary siirrettiin Tutburyn linnaan, Wingfield Manoriin, Coventryyn, Chatsworth Houseen ja lopuksi Fotheringhayn linnaan, jossa hänet tuomittiin ja teloitettiin vuonna 1587.
On tärkeää huomata, että häntä ei aina pidetty ankarissa olosuhteissa. Jotkut hänen vankeuksistaan olivat mukavampia kuin toiset, riippuen sijainnista ja poliittisesta ilmapiiristä. Hän oli kuitenkin aina tiukasti vartioituna eikä koskaan saanut vapauttaan takaisin.