Siellä on kaksi pääkammiota:
* Varjokammio: Täällä kohtaat Shadow Pokémonin ensimmäistä kertaa. Sinun täytyy taistella niitä vastaan puhdistaaksesi ne.
* Pimeyden kammio: Tämä on viimeinen kammio, jossa kohtaat viimeisen pomon, Shadow Pokémonin johtajan. Se on käytettävissä tiettyjen tehtävien suorittamisen ja useiden Shadow Pokémonien puhdistamisen jälkeen.
Tarkkaa sijaintia Shadow Pokémon Facilityn sisällä ei ole määritelty pelissä, mutta se löytyy yleensä syvemmällä tilassa, kun etenee tarinan läpi.