Groudon (maatyyppi)
* Löytyi Alkuperäluolasta voitettuaan Eliittineljän ja tullessaan Mestariksi.
* Voidaan kaapata vasta kun Red Orb on hankittu.
Kyogre (vesityyppi)
* Löytyi Alkuperäluolasta voitettuaan Eliittineljän ja tullessaan Mestariksi.
* Voidaan kaapata vain Blue Orbin hankinnan jälkeen.
Rayquaza (Dragon/Flying-tyyppi)
* Löytyy taivaanpilarista Groudonin ja Kyogren tappion jälkeen.
* Voidaan kaapata vain, kun on hankittu punainen ja sininen pallo.
Regirock (rock-tyyppinen)
* Löytyy muinaisesta temppelistä autiomaassa, ja siihen pääsee käsiksi kolmen Regi-avaimen hankkimisen jälkeen.
* Sinun on aktivoitava temppeli käyttämällä avaimia tietyssä järjestyksessä.
Regice (Ice-tyyppinen)
* Löytyy muinaisesta temppelistä autiomaassa, ja siihen pääsee käsiksi kolmen Regi-avaimen hankkimisen jälkeen.
* Sinun on aktivoitava temppeli käyttämällä avaimia tietyssä järjestyksessä.
Registeel (terästyyppi)
* Löytyy muinaisesta temppelistä autiomaassa, ja siihen pääsee käsiksi kolmen Regi-avaimen hankkimisen jälkeen.
* Sinun on aktivoitava temppeli käyttämällä avaimia tietyssä järjestyksessä.
Latias (Dragon/Psychic-tyyppi)
* Löytyi Eteläsaarelta Eon-huilun hankinnan jälkeen.
* Saatavilla vain Eon Fluten hankittuasi.
Latios (Dragon/Psychic-tyyppi)
* Löytyi Eteläsaarelta Eon-huilun hankinnan jälkeen.
* Saatavilla vain Eon Fluten hankittuasi.
Jirachi (teräs/psyykkinen tyyppi)
* Löytyi Wishmaker's Housesta Tähtikiven hankittuaan.
* Tämä on harvinainen kohtaaminen, ja sinun on käytettävä Tähtikiveä sen herättämiseen.
Mew (psyykkinen tyyppi)
* Ei teknisesti saatavilla normaalin pelin kautta. Vaatii häiriö- tai huijauslaitteen hankkiakseen.
Huomaa: Vaikka voit teknisesti hankkia Mewtwoa Pokémon Emeraldissa se ei ole legendaarinen kohtaaminen. Se löytyy hylätystä Pokémon Mansionista Slateport Cityn alueella.