Pelin tarina pyörii "Eggman Empiren" ympärillä ryhmä robotteja ja hirviöitä, joita ohjaa tohtori Eggman. Tämä imperiumi koostuu erilaisista "Eggman-kätyreistä", joilla jokaisella on ainutlaatuiset kyvyt ja ulkonäkö.
Vaikka jotkut näistä kätyreistä, kuten "Munanappula" ja "Egg Hornet" ovat tuttuja, toiset ovat salaperäisempiä. Yleisimmin "mysteerihirviöiksi" kutsuttuja ovat:
* "Egg Cerberus": Kolmipäinen koiramainen robotti tehokkaalla porakoneella.
* "Munagolem": Massiivinen, hitaasti liikkuva robotti isolla vasaralla.
* "Egg King": Jättiläinen, valtaistuimen kaltainen robotti tehokkailla lasereilla.
Nämä ovat vain muutamia esimerkkejä, ja monia muita ainutlaatuisia ja nimeämättömiä robotteja ja hirviöitä esiintyy pelin aikana, mikä lisää mysteeriä ja juonittelua.
Joten vaikka olemassa ei ole ainuttakaan "mysteerihirviötä", näiden ainutlaatuisten ja kiehtovien hahmojen yhteinen läsnäolo lisää Sonic Heroesin kiehtovaa ja salaperäistä tunnelmaa.