Jännitys kasvaa, kun Thomas ja hänen ystävänsä kohtaavat tähän mennessä suurimmat haasteensa. Heidän on navigoitava Labyrintin petollisten käytävien läpi samalla, kun hellittämättömät Grieverit, mekaaniset olennot, jotka vaeltavat sokkelossa ja muodostavat tappavan uhan, jahtaavat heitä. Huipentuma saavuttaa huippunsa, kun Thomas kohtaa sokkelon luojan Ava Paigen ja kyseenalaistaa WCKD:n kokeilun taustalla olevan moraalin ja motiivit.
Kaaoksen ja vaaran keskellä Thomas ja Gladerit paljastavat Labyrintin takana olevat salaisuudet ja syyt vangitsemiseensa. He hyväksyvät ne uhraukset, jotka heidän on tehtävä päästäkseen irti ja paljastaakseen totuuden WCKD:n aikeista.
Maze Runnerin huipentumaa leimaavat intensiiviset toimintajaksot, emotionaaliset vastakkainasettelut ja paljastukset, jotka muuttavat tarinan kulkua ja luovat pohjan tapahtumille edetä sarjan seuraavissa kirjoissa.