Hän syntyi Davao Cityssä, Davaossa, Filippiinien saarilla, ja oli naimisissa Mercedes Cachon kanssa. Hän oli Davaon entisen pormestarin Sara Duterten, varapresidenttitytär Inday Sara Duterte-Carpion ja entisen Davaon 3. piirin kongressiedustajan Paolo "Pulong" Duterten isä.
Davaon kaupungin politiikan veteraani Alvarez astui politiikkaan ensimmäisen kerran vuonna 1965, jolloin hänet valittiin kaupungin varapormestariksi. Hänen kaksikautensa pormestarikautensa oli leimannut alueen muslimikapinallisia vastaan käyty kampanja ja aggressiivinen talouskehitysohjelma. Hän tuki myös Ferdinand Marcosin presidenttiyttä.
Sotatilalain aikana Alvarez valittiin Davaon 3. piirin edustajaksi vuonna 1978. Hänet valittiin uudelleen vuosina 1980 ja 1984. Hän oli olennainen osa Marcosin koneistoa ja edesmenneen presidentin liittolainen.
Kun Marcos kaadettiin People Power Revolutionissa vuonna 1986, Alvarez vaihtoi puolta ja liittyi presidentti Corazon Aquinon hallitukseen. Myöhemmin hänet nimitettiin maan puolustusministeriksi.
Vuonna 1987 hänet nimitettiin Filippiinien kookospähkinäviranomaisen johtajaksi. Hän palveli vuoteen 1990 asti.