Ohjelmassa tutkittiin usein ennakkoluulojen, rasismin ja suvaitsemattomuuden teemoja, mutta se ei koskaan käsitellyt suoraan holokaustia. Tämä johtui todennäköisesti näyttelyn ajanjaksosta (1959-1964), koska holokausti oli hyvin viimeaikainen ja herkkä aihe, jonka kanssa monet ihmiset olivat edelleen kamppailevia.
Jotkut jaksot voidaan kuitenkin tulkita tangentiaalisten yhteyksien holokaustiin, kuten:
* "Hirviöt ovat erääntyneet Maple Street" (1960): Tässä jaksossa tutkitaan pelkoa, vainoharhaisuutta ja väkijoukkojen mentaliteetin vaaroja, jotka ovat teemoja, jotka resonoivat holokaustin tapahtumien kanssa.
* "Invaders" (1962): Tässä jaksossa on ulkomaalainen hyökkäys, joka kohdistuu ihmisiin heidän erojensa perusteella, jota voidaan pitää vainon ja suvaitsemattomuuden metaforana.
On tärkeää muistaa, että Twilight Zone oli aikansa tuote, ja on vaikea arvioida sitä nykypäivän standardien mukaan. Sen tutkimuksella, kuten ennakkoluuloissa ja pelossa, on edelleen merkitys nykyään.