Toisaalta yhtye kohtasi ajoittain myös negatiivista mediahuomiota ja kritiikkiä. Tämä johtui useista tekijöistä, kuten heidän henkilökohtaisista riidaistaan ja konflikteistaan, heidän väitetystä huumeidenkäytöstään ja villistä elämäntyylistään sekä heidän poliittisesta aktiivisuudestaan. Media keskittyi usein näihin kiistoihin mieluummin kuin heidän musiikkiinsa, mikä johti julkiseen tarkasteluun ja negatiiviseen lehdistöön. Lisäksi heidän maineensa tahrasivat jossain määrin yhtyeen hajoaminen ja sitä seuranneet jälleennäkemiset, joita jotkut kriitikot pitivät opportunistisina ja taloudellisten syiden ohjaamana.
Näistä haasteista huolimatta Crosbyn, Stillsin, Nashin ja Youngin perintö on edelleen vahva, ja heidän musiikillaan on edelleen vaikutusta tähän päivään asti. Monet fanit ja kriitikot muistavat heidät edelleen lämmöllä heidän musiikillisen panoksensa ja kulttuurillisen vaikutuksensa vuoksi. Heidän perintönsä 1960-luvun rockmusiikissa ja vastakulttuurissa on edelleen katoamaton, ja heitä juhlitaan edelleen usein ikonisena musiikkiryhmänä.