Putiikin suunnitteli Beatlesin ystävä ja taiteellinen yhteistyökumppani Simon Posthuma, joka suunnitteli myös heidän albuminsa kannet ja muuta mainosmateriaalia. Se oli tarkoitettu Beatlesiin ja muihin Apple Recordsiin liittyviin artisteihin liittyvien tuotteiden, kuten vaatteiden, asusteiden ja kodin tavaroiden, vähittäismyyntipisteeksi.
Myymälä tunnettiin värikkäästä ja psykedeelisesta sisustuksestaan, joka heijasteli 1960-luvun lopun estetiikkaa. Siinä oli myös Beatlesin itsensä suunnittelemia esineitä, kuten T-paitoja, huiveja ja koruja.
Apple Boutique kohtasi kuitenkin haasteita alusta alkaen, mukaan lukien johtamiskokemuksen puute, taloudellinen huono hallinto ja kilpailu muiden myymälöiden kanssa. Beatles kohtasi myös vaikeuksia kiinteistön vuokrasopimuksessa sekä erimielisyyksiä heidän ja neuvonantajiensa välillä liikkeen suunnasta.
Tämän seurauksena Apple Boutique suljettiin elokuussa 1968 vain vuoden toiminnan jälkeen. Beatles kärsi merkittäviä taloudellisia tappioita hankkeesta, ja myymälän sulkeminen merkitsi heidän suoran osallistumisensa vähittäiskauppaan päättymistä.