Shrek the Thirdissä Shrek ja Fiona ovat tulossa vanhemmiksi. Ennen kuin he voivat asettua asumaan, Kaukana Kaukana saapuva lähettiläs keskeyttää heidät. Sanansaattaja ilmoittaa heille, että kuningas Harold on kuollut ja että Shrek on seuraava valtaistuimen jonossa.
Shrek on haluton ottamaan kuninkaan roolin, mutta lopulta suostuu. Hän, Fiona ja Aasi lähtevät Far Far Away -matkalle, jossa kansalaiset kohtaavat heidät vihamielisesti. He kohtaavat myös prinssi Charmingin, joka on päättänyt ottaa valtakunnan itselleen.
Ystäviensä avulla Shrek pystyy voittamaan Prinssi Charmingin ja pelastamaan valtakunnan. Hän oppii myös olevansa hyvä isä ja että hän pystyy olemaan hyvä kuningas.
Päätarinalinjan lisäksi Shrek the Third sisältää myös joukon alajuttuja. Näihin osajuttuihin kuuluvat Aasin ja Saappaaseen pussin seikkailut sekä Pahan noidan yritykset elvyttää miehensä Lord Farquad.
Shrek the Third on hauska ja viihdyttävä elokuva, joka varmasti miellyttää Shrek-sarjan faneja. Se on tarina perheestä, ystävyydestä ja siitä, kuinka tärkeää on olla uskollinen itselleen.