On olemassa todisteita, jotka viittaavat siihen, että keisarileikkaukset on voitu tehdä muinaisina aikoina. Esimerkiksi antiikin kreikkalainen lääkäri Hippokrates kirjoitti "embryotomiaksi" kutsutusta menettelystä, joka sisälsi kohdun leikkaamisen auki vauvan poistamiseksi. Ei kuitenkaan ole selvää, suoritettiinko embryotomia koskaan, ja on mahdollista, että Hippokrates vain spekuloi.
Ensimmäinen dokumentoitu tapaus onnistuneesta keisarileikkauksesta suoritti vuonna 1500 sveitsiläinen lääkäri Jacob Nufer. Nuferin potilas oli Elisabeth Strüb-niminen nainen, joka kärsi tilasta, jota kutsutaan kohdun repeämäksi. Nufer poisti onnistuneesti vauvan Strübin kohdusta, ja sekä äiti että lapsi selvisivät hengissä.
Nuferin ajoista vuosisatojen aikana keisarileikkauksista on tullut yhä yleisempiä. Nykyään keisarileikkaukset tehdään noin 30 %:lle kaikista syntyneistä Yhdysvalloissa.