Romaanissa Phantom on epämuodostunut mies, joka käyttää naamaria piilottaakseen kasvonsa. Hän asuu katakombeissa oopperatalon alla ja käyttää musiikillista neroaan hallitsemaan oopperalaulajia ja näyttelijöitä. Phantom rakastuu nuoreen sopraanoon nimeltä Christine Daaé ja tulee pakkomielle häneen. Hän sieppaa hänet ja vie hänet luokseensa katakombeihin. Christine pakenee lopulta Phantomilta, joka katoaa yöhön.
Phantomin kohtalo on jätetty romaanissa epäselväksi. Romaanin alkuperäisessä ranskankielisessä versiossa Phantomin sanotaan hirttäneen itsensä katakombeihin. Englanninkielisessä käännöksessä Phantom kuitenkin sanotaan kadonneen Pariisin viemäriin.