Tarinan konflikti korostaa tunteita, kostoa sekä yhteiskunnallisten ennakkoluulojen ja sisäisen kamppailun vuorovaikutusta ihmiskunnan ja luonnon vuorovaikutuksen tutkimisen sijaan. Lisäksi, koska suurin osa tapahtumista tapahtuu Palais Garnierin rajojen sisällä, luonnollisia elementtejä ei erityisesti korosteta tässä tarinassa. Siksi ihmiskunnan ja luonnon välillä ei ole ristiriitaa, joka ohjaa tarinaa "Oopperan kummituksessa".