Tietoinen mieli liittyy läheisesti prefrontaaliseen aivokuoreen, aivoalueeseen, joka osallistuu korkeamman asteen kognitiivisiin toimintoihin, kuten huomioimiseen, suunnitteluun, päätöksentekoon ja itsehallintaan. Prefrontaalinen aivokuori on myös vastuussa kyvystämme päätellä, ajatella abstraktisti ja tehdä tuomioita.
Tietoinen mieli on jatkuvasti vuorovaikutuksessa alitajuisen mielen kanssa, joka on se osa mieltä, joka toimii tietoisen tietoisuutemme ulkopuolella. Alitajunta on vastuussa automaattisista prosesseista, kuten hengityksestä, ruoansulatuksesta ja sykkeen säätelystä, sekä muistojen, tottumusten ja opittujen käyttäytymistemme tallentamisesta.
Tietoinen mieli ja alitajuinen mieli muodostavat yhdessä ajatuksemme, tunteemme ja tekomme. Tietoinen mieli on vastuussa tahallisista ja tietoisista toimistamme, kun taas alitajuinen mieli vaikuttaa käyttäytymiseemme ja reaktioihinmme tavoilla, joista emme aina ole tietoisia.