Tärkeimmät antagonistit:
* Magneto: Ikonisin X-Men-pahis Magneto on voimakas mutantti, jolla on kyky manipuloida magnetismia. Hän uskoo, että mutantit ovat parempia kuin ihmiset ja heidän pitäisi hallita maailmaa, mikä on usein ristiriidassa professori X:n unelman kanssa rauhanomaisesta rinnakkaiselosta.
* Apokalypsi: Voimakas, ikivanha mutantti, jolla on kyky imeä muiden voimat, Apocalypse pyrkii puhdistamaan maailman ja luomaan uuden järjestyksen itsensä hallitsijana.
* Sabertooth: Villi ja julma mutantti, jolla on kehittyneet aistit, yli-inhimillinen voima ja uudistumiskyky, Sabertooth on säälimätön saalistaja ja Wolverinen vannonut vihollinen.
* Mystiikka: Muodostuksen ja petoksen mestari Mystique on taitava vakooja ja salamurhaaja, joka toimii usein varjoissa. Hänellä on monimutkainen suhde X-Meniin, joskus hän toimii liittolaisena ja toisinaan häikäilemättömänä vihollisena.
* Mutanttien veljeskunta: Magneton johtama mutanttien ryhmä uskoo, että ihmiset ovat vihollisia ja mutanttien täytyy hallita. Tähän ryhmään on kuulunut lukuisia jäseniä vuosien varrella, mukaan lukien Toad, Pyro ja Blob.
Muut merkittävät vastustajat:
* Mr. Synkkä: Loistava mutta häikäilemätön geneetikko, joka on pakkomielle manipuloimaan mutanttievoluutiota.
* Juggernaut: Pysäyttämätön luonnonvoima, jolla on valtava voima ja haavoittumattomuus.
* Vartijat: Tehokkaat robotit, jotka on suunniteltu metsästämään ja tuhoamaan mutantteja.
* The Hellfire Club: Yksinomainen ja voimakas organisaatio, joka pyrkii hallitsemaan mutanttivoimia omiin tarkoituksiinsa.
* William Stryker: Sotilasjohtaja, joka uskoo mutanttien olevan uhka ihmiskunnalle ja yrittää eliminoida ne.
Organisaatiot:
* AIM (Advanced Idea Mechanics): Tieteellinen organisaatio, joka usein harrastaa vaarallista teknologiaa ja on useaan otteeseen törmännyt X-Menin kanssa.
* Hydra: Maailmanlaajuinen terroristijärjestö, jonka historia on pyrkinyt hallitsemaan mutanttivaltoja.
* Puhdistajat: Fanaattinen ihmisryhmä, joka uskoo, että mutantit ovat vitsaus maailmassa.
On tärkeää huomata, että X-Men on kohdannut monia muita vastustajia pitkän historiansa aikana, mutta nämä ovat joitain merkittävimmistä ja toistuvista vihollisista. X-Menin viholliset heijastavat ennakkoluulojen, pelon ja tasa-arvotaistelun monimutkaisia teemoja, joita on punottu koko franchising-sarjassa.