On kuitenkin joitain monimutkaisia asioita:
* Kadonneet teokset: Monet hänen teoksistaan ovat kadonneet ajalle, tuhoutuneet tai vielä löytämättä.
* Yhteistyöt: Van Eyck teki todennäköisesti yhteistyötä työpajansa kanssa, joten avustajat olisivat voineet toteuttaa jotkin hänelle luetellut maalaukset.
* Attribuutit: Joistakin teoksista keskustellaan taidehistorioitsijoiden keskuudessa siitä, ovatko ne yksinomaan Van Eyckin vai osittain hänen työpajansa maalaamia.
Joten vaikka meillä on kohtuullinen käsitys hänen säilyneestä työstään, hänen luomiensa maalausten todellinen määrä on edelleen mysteeri.