Televisio:
* Huonosti käyttäytyvät miehet (1992-1998): Tämä sitcom toi Clunesin valtavirran menestykseen esittäen hurmaavan onnetonta Garya.
* Doc Martin (2004-tähden): Clunesin ehkä ikonisin rooli, hän näyttelee töykeää mutta rakastettavaa lääkäriä Cornishissa sijaitsevassa Portwennin kaupungissa.
* Reggie Perrin (2007-2009): Uusintaversio klassisesta brittiläisestä sitcomista "The Rise and Fall of Reggie Perrin".
* The Great Escape (2003): Kaksiosainen minisarja, jossa Clunes näytteli Roger Bushellia.
* Jonathan Creek (2000–2016): Esiintyi useissa tämän mysteerisarjan jaksoissa nimihahmon parhaana ystävänä, Maddyn aviomiehenä.
* Komentaja (1998-2000): Hän näytteli kuninkaallisen laivaston upseerin komentaja Jack Harperin pääroolia.
* William ja Mary (2003-2010): Esiintyi toistuvana hahmona, nimihahmon lankoina.
* Palatsi (2008): Hän näytteli kuninkaallisen perheen jäsentä tässä satiirisessa komediasarjassa.
* Manhunt (2019): Hän näytteli DCI Colin Suttonia tässä tosirikossarjassa Levi Bellfieldin vangitsemisesta.
* Kuningattaren nenä (2001): Äänisti puhuvan koiran "Queen's Nose" -hahmon tässä lastensarjassa.
Elokuvat:
* Heartbeat (1992): Clunes näytteli suositun ITV-sarjan elokuvaversiossa.
* The Lakes (2000): Romanttinen trilleri, jossa Clunes esittää miestä, joka on pakkomielle naiseen.
* Aikakone (2002): Hän näytteli tulevaisuuteen matkustavan tiedemiehen Alexander Hartdegenin roolia.
* Viimeinen etsivä (2003): Detektiivitrilleri, joka perustuu kirjailija Michael Connellyn romaaneihin.
* Three and Out (2011): Pimeä komedia, jossa Clunes esittää ikääntyvää jalkapalloilijaa.
* The Legend of Barney Thomson (2015): Musta komedia, jossa Clunes esittää parturia, josta tulee vahingossa sarjamurhaaja.
* SuperBob (2015): Hän näytteli lempeää miestä, joka on pakko tulla supersankariksi.
Tämä ei ole tyhjentävä luettelo, mutta se sisältää joitain hänen merkittävimmistä ja tunnetuimmista projekteistaan.