Televisio:
* The Rookie (2018 – nykyinen): Kersantti "Nyla" Harper
* The Wire (2002-2008): Etsivä "Beadie" Russell
* Kuusi jalkaa alle (2001-2005): Brenda Chenowith
* ER (1994-2009): Tohtori Janet Coburn
* X-tiedostot (1993–2018): Tohtori Anne Buckle
* The West Wing (1999-2006): Tohtori Grace Barnett
* Hyvä vaimo (2009–2016): Tuomari Christine "Chrissy" Sexton
* Linna (2009–2016): Etsivä Ryan "Ritter" Russell
* Laki ja järjestys:Uhrien erityisyksikkö (vuodesta 1999): Erilaisia rooleja
* Greyn anatomia (2005-tähden): Tohtori Beth Hunter
* NCIS (vuodesta 2003 nykyhetkeen): Tohtori Wendy Kieffer
* Criminal Minds (2005-2020): Tohtori Erica Rinehart
* Moderni perhe (2009–2020): Sairaanhoitaja Pam
Elokuva:
* The Sisterhood of the Traveling Pants (2005): Rouva Kulta
* Täydellinen partituuri (2004): Rouva Baker
* Huomisen jälkeinen päivä (2004): Tohtori Lucy Hall
* Vuovesien prinssi (1991): Martha McMahon
* Thelma &Louise (1991): Carhop
* The Silence of the Lambs (1991): Nainen huoltoasemalla
* The Player (1992): sihteeri
Tämä on vain osittainen luettelo, sillä Amy Aquino on ollut monissa muissa projekteissa uransa aikana. Hän on monipuolinen näyttelijä, jolla on vahva läsnäolo sekä isolla että pienellä näytöllä.