1. Italian kruunun ritarikunnan komentaja :Vuonna 1889 Italian kuningas Umberto I kunnioitti Flagleria Italian kruunun ritarikunnan komentajan arvonimellä. Tämä arvostettu palkinto myönnettiin hänelle tunnustuksena hänen panoksestaan Floridan matkailun kehittämisessä.
2. Kunnialegioona :Vuonna 1904 Flagler sai Legion of Honor -palkinnon, joka on korkein Ranskan hallituksen myöntämä kunnianosoitus. Tämä kunnianosoitus myönnettiin Flaglerille hänen saavutuksistaan hotellialalla ja hänen panoksestaan Ranskan Rivieran kehittämiseen.
3. Roosevelt-mitali :Vuonna 1915 Flagler sai Roosevelt-mitalin National Civic Federationilta, arvovaltaiselta organisaatiolta, joka on sitoutunut edistämään sosiaalisia ja taloudellisia uudistuksia. Mitali myönnettiin tunnustuksena Flaglerin visiosta, johtajuudesta ja hyväntekeväisyydestä.
4. Kunniatutkinnot :Useat oppilaitokset tunnustivat Flaglerin saavutuksistaan. Hän sai kunniakirjat muun muassa Stetsonin yliopistosta, Rollins Collegesta ja Floridan yliopistosta. Nämä tutkinnot tunnustivat hänen panoksensa koulutukseen ja hänen sitoutumisensa tiedon edistämiseen.
5. Kansalais- ja yhteisökunniot :Näiden muodollisten palkintojen lisäksi Flagleria on palkittu myös erilaisissa kansalais- ja yhteisöjärjestöissä hänen elämänsä ajan. Hän sai lukuisia plaketteja, sertifikaatteja ja päätöslauselmia, joissa tunnustetaan hänen panoksestaan Floridan eri alueiden kasvuun ja kehitykseen.
Nämä palkinnot ja kunnianosoitukset kuvastavat Flaglerin suurta arvostusta hänen elinaikanaan. Hänet tunnustettiin laajalti visionäärisestä hengestään, omistautumisestaan Floridan matkailualan rakentamiseen ja hyväntekeväisyydestään, joka jätti pysyvän vaikutuksen osavaltioon.