- 2007 MTV Europe Music Awards:paras rock
- 2010 MTV Video Music Awards:paras vaihtoehtoinen video ("Kings and Queens")
- 2011 MTV Video Music Awards:paras rock-video ("Closer to the Edge")
- 2013 MTV Video Music Awards:paras vaihtoehtoinen video ("Up in the Air")
- 2014 Billboard Music Awards:Top Rock Song ("Up in the Air")
- iHeartRadio Music Awards 2015:Vuoden paras vaihtoehtorock-kappale ("Walk on Water")
- 2017 Alternative Press Music Awards:paras livebändi
- 2018 Lo Nuestro Awards:Vuoden pop/rock-kappale ("Rescue Me")
Näiden palkintojen lisäksi 30 Seconds to Mars on ollut ehdolla myös useille muille palkinnoille, mukaan lukien Grammy Awards ja Brit Awards.