Kun vakoojat ryntäsivät päästäkseen toistensa ovelampiin, he kohtaavat koomisia esteitä, jotka muuttavat heidän vakoilunsa slapstick-komedian sivunäytökseksi. Black Spy sotkeutuu jättimäiseen jojoon, kun taas White Spy joutuu kumikanojen parven takaa-ajoon. Saaren kasvisto ja eläimistö liittyvät hulluuteen, puhuvat papukaijat pilkkaavat vakoojien jokaista liikettä ja ilkikuriset apinat varastavat heidän salaisia suunnitelmiaan.
Kiihtyvän kaaoksen keskellä vakoojat törmäävät piilotettuun maanalaiseen laboratorioon, jossa he löytävät loputtoman kilpailunsa takana olevan suunnittelijan:ilkikurisen MAD-tieteilijän nimeltä professori Wacko. Kävi ilmi, että Wacko on järjestänyt Spy vs Spy -tehtäviä omaksi huvikseen käyttämällä kauko-ohjattavia naamioita ja temppulaitteita pitääkseen vakoojia jahtaamassa varjoja.
Huippukohtauksessa, joka uhmaa logiikkaa ja järkeä, Black Spy ja White Spy yhdistyvät professori Wackoa vastaan ja osallistuvat hulluun taisteluun, johon kuuluvat vaniljakastikepiirakat, räjähtävät sikarit ja jättimäinen kuminauha. Lopulta vakoilijat ja tiedemies sotkeutuvat monimutkaiseen tapahtumien käänteeseen, joka saa heidät kaikki huimaan ja tuhoutumaan.
Kun esirippu laskeutuu Spy vs Spy -seikkailulle, agentit löytävät itsensä takaisin päämajaansa pohtien, oliko heidän viimeisin pakomatkansa vain villi hallusinaatio. Heidän tunnusmerkillään virneillä he kohauttavat olkapäitään ja valmistautuvat seuraavaan tehtäväänsä tietäen, että Spy vs Spy -pelin maailma on aina täynnä hassuja yllätyksiä ja arvaamattomia käänteitä.