- Hänen kokeelliset menetelmänsä eivät aina olleet tiukkoja. Hän luotti toisinaan anekdoottisiin todisteisiin eikä aina valvonut muuttujia. Tämä johti siihen, että jotkin hänen johtopäätöksensä olivat vääriä.
- Hän oli joskus liian nopea yleistämään kokeistaan. Hän teki usein laajoja lausuntoja rajoitetun määrän havaintojen perusteella. Tämä johti joidenkin hänen teorioidensa yksinkertaistamiseen.
- Hän ei aina ollut avoin uusille ideoille. Joskus hän vastusti uusia teorioita, jotka olivat ristiriidassa hänen omiensa kanssa. Tämä esti häntä tekemästä tärkeitä löytöjä.
Näistä heikkouksista huolimatta Robert Boyle oli loistava tiedemies, joka antoi merkittävän panoksen tieteeseen. Hänen työnsä auttoi luomaan perustan nykyaikaiselle kemialle ja fysiikalle.