Clarendonin perustuslaki: Henrik II julkaisi joukon lakeja, jotka tunnettiin nimellä Clarendonin perustuslaki vuonna 1164. Näillä laeilla pyrittiin rajoittamaan kirkon valtaa ja etuoikeuksia Englannissa, erityisesti mitä tulee piispojen nimittämiseen ja rikoksista syytettyjen papistojen lainkäyttövaltaan. Becket Canterburyn arkkipiispana vastusti perustuslakia kirkon autonomian loukkauksena.
Kirkollinen koskemattomuus: Henrik II halusi valvoa papistoa ja saattaa heidät kuninkaallisten tuomioistuinten lainkäyttövaltaan. Becket sitä vastoin uskoi, että papiston tulisi olla vain kirkollisten tuomioistuinten alaisia, ja hän puolusti kirkon oikeutta hallita omia asioitaan.
Piispojen nimittäminen: Henrik II halusi saada sananvaltaa piispojen nimittämisessä varmistaakseen, että he olivat uskollisia hänelle ja tukevat hänen politiikkaansa. Becket vaati, että piispojen valinnan tulisi perustua yksinomaan uskonnollisiin ansioihin ilman kuninkaallista puuttumista asiaan.
Toimivaltaristiriita: Konflikti kärjistyi, kun Philip de Brois -nimistä virkailijaa syytettiin rikoksesta, ja sekä kuninkaalliset tuomioistuimet että kirkkotuomioistuimet vaativat häntä. Becket kieltäytyi luovuttamasta virkailijaa kuninkaallisiin tuomioistuimiin väittäen, että se loukkasi kirkon toimivaltaa.
Henrik II:n ja Becketin välinen erimielisyys symboloi monarkian ja kirkon välistä laajempaa taistelua hallinnasta ja auktoriteetista. Konflikti huipentui Thomas Becketin murhaan Canterburyn katedraalissa vuonna 1170, kun Henrik II:lle uskolliset ritarit murhasivat. Becketin murha johti merkittävään vastareaktioon ja johti lopulta siihen, että Henrik II teki myönnytyksiä ja vahvisti kirkon etuoikeudet ja riippumattomuuden.