Tutkimusmenetelmät käyttää sekä etnografiaa että musiikillista transkriptiota ja analyyseja sekä kenttätyötä ja haastatteluja informanttien kanssa. Jotkut etnomusikologit esittävät myös opiskelemaansa musiikkia, kun taas toiset keskittyvät enemmän analysointiin ja tulkintaan.
Kenttätyöt antaa etnomusikologille mahdollisuuden uppoutua opiskelemiensa ihmisten musiikkiin ja kulttuuriin, jolloin he voivat saada syvän käsityksen musiikin roolista heidän elämässään.
Koska kulttuurit ja musiikilliset käytännöt muuttuvat jatkuvasti, etnomusikologit keräävät usein ääni- ja videotallenteita, litteroivat ja analysoivat musiikkiesityksiä, luovat soittimia, säveltävät ja sovittavat musiikkia sekä dokumentoivat tutkimustuloksiaan kirjoissa, artikkeleissa ja muissa julkaisuissa.