Hänen kuolemansa tarkkaa syytä ei tunneta, mutta sen uskotaan olevan sydänkohtaus Hänen kestävänsä ankarien olosuhteiden vuoksi. Hänet löydettiin kuolleena hänen telttaan lähellä, ja hänen ruumiinsa haudattiin lumikorvan alle.
On tärkeää huomata, että Wegenerin mannermaisen ajon teoria, jota hän ehdotti vuonna 1912, ei ollut laajalti hyväksytty hänen elämänsä aikana. Hän kuoli suhteellisen tuntemattomana tutkijana, mutta hänen uraauurtava teoriansa todistettiin lopulta oikein, ja häntä pidetään nyt yhtenä geologian historian tärkeimmistä hahmoista.