Hänet tunnetaan parhaiten päiväkirjastaan, jota hän piti vuosina 1660–1669 ja joka on nykyään yksi tärkeimmistä 1600-luvun Englannin sosiaalisen historian lähteistä.
Pepys syntyi vaatimattomaan yhteiskunnalliseen asemaan, mutta sai klassikkokoulutuksen Magdalene Collegessa, Cambridgessa. Hän nautti tärkeiden sukulaisten holhouksesta ja omasta kyvystään nousta julkishallinnossa.
Hänestä tuli Castle Risingin ja Tangerin parlamentin jäsen, Tangerin rahastonhoitaja, laivaston hallituksen sihteeri, amiraliteetin sihteeri, Royal Societyn presidentti ja Trinity Housen päällikkö.
Hänen kuuluisa päiväkirja tarjoaa runsaasti tietoa hänen aikansa kulttuurista ja yhteiskunnasta, mukaan lukien silminnäkijöiden kertomuksia joistakin aikakauden tärkeimmistä tapahtumista, kuten Lontoon suuresta tulipalosta.
Pepysin ura heijastaa myös hänen yhteyksiään palautusoikeuteen ja tuona aikana käydyt poliittiset taistelut.
Vuoden 1669 jälkeen hän ei voinut jatkaa päiväkirjan pitämistä näön heikentymisen vuoksi.
Hän kohtasi myös julkista kritiikkiä, ja hänet erotettiin virastaan vuonna 1679, koska häntä syytettiin väärästä katolisesta kannattajasta.
Hänet vapautettiin myöhemmin syytteistä ja toimi jälleen Admiralty-sihteerinä vuosina 1684–1689, auttaen turvaamaan William of Orangen laivaston kunniakkaan vallankumouksen aikana.
Pepys kuoli vuonna 1703 ja jätti kirjastonsa ja käsikirjoituksensa Magdalene Collegeen, Cambridgeen, missä ne ovat edelleen.
Hänen päiväkirjaansa on litteroitu, toimitettu ja julkaistu useissa painoksissa, ja sen historiallista ja kirjallista arvoa tutkitaan ja ihailtiin edelleen.