* Rex Goodwin: Dark Signersin johtaja ja sarjan tärkein antagonisti.
* Devack: Ensimmäinen tumma allekirjoittaja, joka ilmestyi, ja Yusei Fudon entinen ystävä.
* Roman Goodwin: Rexin veli ja toinen Dark Signer ilmestynyt.
* Kalinin: Venäläinen tumma allekirjoittaja, joka käyttää tummaa korttia manipuloidakseen muita.
* Sumu: Salaperäinen nainen, joka esiintyy viidentenä Dark Signerina.
* Z-one: Voimakas olento tulevaisuudesta, joka ohjaa sarjan tapahtumia. Hän ei ole teknisesti Dark Signer, mutta hänellä on vahva yhteys heihin.
* Antinomia: Arvoituksellinen hahmo, joka esiintyy Z-onen rinnalla ja on myös yhteydessä Dark Signersiin.
On tärkeää huomata, että vaikka Dark Signers ovat ensisijaisia vastustajia, Z-one ja Antinomy ovat monimutkaisempia hahmoja, joilla on omat motiivinsa.