Bändin verkkosivujen mukaan:"Nimi "Trans-Siberian Orchestra" oli sanoittaja ja säveltäjä Paul O'Neillin idea. Paul näki yhtyeen musiikillisena junana, joka matkustaa ympäri maailmaa, yhdistää kulttuureja ja levittää lomailoa. Siperian"-osa nimestä viittaa talviaiheeseen, sillä juna olisi täynnä muusikoita, jotka esittävät lomaklassikoita eri puolilta maailmaa. "Trans"-osio viittaa paitsi orkesterin kansainväliseen matkaan, myös sen kykyyn ylittää musiikilliset rajat ."
Tämä on todennäköisesti yhtyeen nimen fiktiivinen alkuperä, mutta muut lähteet antavat nimen johdetuksi Trans-Siperian rautatiestä, joka on maailman pisin rautatie. Rautatie kulkee kahdeksan aikavyöhykkeen läpi ja yhdistää Moskovan Vladivostokiin. Trans-Siperian rautatietä käytetään usein Venäjän laajuuden ja monimuotoisuuden symbolina, ja on mahdollista, että yhtyeen nimi viittaa tähän.