Aphex Twin soittaa erilaisia instrumentteja, mukaan lukien syntetisaattori, sampleri, rumpukone ja sekvensseri. Hänet tunnetaan myös tietokoneiden ja ohjelmistojen käytöstä musiikin luomiseen. Hän on käyttänyt useita ohjelmistoja, mukaan lukien Ableton Live, Logic Pro ja Max/MSP.
Aphex Twinin musiikille on usein tunnusomaista sen monimutkaiset rytmit, monimutkaiset melodiat ja kokeelliset soundit. Häntä pidetään yhtenä sukupolvensa vaikutusvaltaisimmista elektronisista muusikoista.