Bieber viittaa läpi kappaleen rukouksen käsitteeseen tehokkaana välineenä yhteyden saamiseksi korkeampaan voimaan ja rauhan löytämiseen epävarmuuden aikoina. Sanoitukset tutkivat ajatusta lähestyä Jumalaa saadakseen apua, lohtua ja voimaa voittaa esteet.
Kappale koskettaa myös ihmisen haavoittuvuuden teemaa. Bieber tunnustaa omat heikkoutensa ja kamppailujensa painon, mutta hän ilmaisee myös toivoa ja uskoa vastoinkäymisten edessä. Sanoitukset viittaavat siihen, että rukous antaa hänelle sisäisen voiman ja joustavuuden tunteen, jolloin hän voi kohdata haasteet rohkeasti ja sitkeästi.
Kaiken kaikkiaan kappale "Pray" välittää viestin hengellisen tuen ja opastuksen etsimisestä vaikeina aikoina sekä lohdutuksen ja voiman löytämisestä rukouksen kautta. Se korostaa uskon voimaa ja uskoa, että kääntyminen korkeamman voiman puoleen voi auttaa yksilöitä voittamaan henkilökohtaiset kamppailut ja löytämään toivoa haasteiden keskellä.