Laulun sanoitukset perustuvat tieteeseen ja kokeiluun liittyviin kuviin. Kappaleen päähenkilö on kuvattu "tieteilijänä", joka tekee kokeita ja tekee havaintoja yrittääkseen ymmärtää ympäröivää maailmaa. He pohtivat kysymyksiä olemassaolon luonteesta, elämän alkuperästä ja maailmankaikkeuden tarkoituksesta.
Coldplay korostaa koko kappaleen ajan sinnikkyyden ja joustavuuden merkitystä tiedon tavoittelussa. Sanoitukset viittaavat siihen, että vaikka edessä on takaiskuja ja epäonnistumisia, on ratkaisevan tärkeää jatkaa vastausten etsimistä ja koskaan unohtaa tavoitetta ymmärtää maailmankaikkeutta.
"Tutkija" ilmaisee myös ihmeen ja kunnioituksen tunteen luonnon kauneutta ja monimutkaisuutta kohtaan. Päähenkilö ihmettelee universumin laajuutta, elämän monimutkaisia yksityiskohtia ja ratkaisemattomia mysteereitä. Laulu rohkaisee kuulijoita arvostamaan maailman ihmeitä ja löytämään inspiraatiota tieteellisen tiedon tavoittelusta.
Pohjimmiltaan Coldplayn "Scientist" juhlii ihmisen ymmärryksenhalua ja rohkaisee meitä tutkimaan maailmaa uteliaana ja ihmetellen. Se on muistutus tieteen ja tiedon tavoittelun tärkeydestä muovattaessa ymmärrystämme maailmankaikkeudesta ja paikastamme siinä.