Monet pitävät tätä albumia Flaming Lipsin magnum-opuksena. Se on konseptialbumi, joka kertoo tarinan robotista nimeltä Yoshimi, joka taistelee pahaa avaruusoliota vastaan. Albumi on täynnä kokeellisia soundeja ja psykedeelisiä efektejä, ja se sisältää joitain yhtyeen ikonisimpia kappaleita, kuten "Do You Realize??" ja "Yoshimi Battles the Pink Robots, Pt. 1".
* The Soft Bulletin (1999)
Tämä albumi on toinen Flaming Lipsin klassikko. Se on kokeellisempi ja psykedeelisempi albumi kuin Yoshimi Battles the Pink Robots, ja se sisältää joitain yhtyeen kauneimmista ja kummittelevimmista kappaleista, kuten "Race for the Prize" ja "Waitin' for a Superman".
* Alkio (2009)
Tämä albumi on paluu Flaming Lipsin kokeellisempiin juuriin. Se on meluisa, kaoottinen ja psykedeelinen levy, joka on täynnä yllätyksiä. Se ei ole kaikille, mutta se on pakko kuunnella kokeellisen musiikin ystäville.
* Sodassa mystiikkojen kanssa (2006)
Tämä albumi on poliittisempi ja sosiaalisempi levy kuin Flaming Lipsin aiemmat julkaisut. Se sisältää lauluja sodasta, köyhyydestä ja ympäristön tuhoamisesta. Se on voimakas ja liikuttava albumi, joka jättää varmasti pysyvän vaikutuksen.
* Amerikan päällikkö (2006)
Tämä albumi on suoraviivaisempi rock-albumi kuin Flaming Lipsin aiemmat julkaisut. Se sisältää joitain yhtyeen tarttuvimpia ja hymneisimpiä kappaleita, kuten "The W.A.N.D." ja "Ketä rakastat?".