Koko kappaleen ajan Vedder pohtii suhdettaan äitiinsä ja ilmaisee syyllisyyttä ja katumusta. Hän pohtii ajatusta "pitää kiinni" hänen muistostaan ja vaikutusta, jonka hänen kuolemansa on jättänyt hänen elämäänsä. Sanoitukset koskettavat myös lunastuksen teemoja ja hengellisen ohjauksen etsimistä surun aikoina.
Kappale pohtii myös vanhemman menettämisen mukanaan tuomia monimutkaisia tunteita, kuten vihaa, surua ja menneisyyden kaipuuta. Kertosäe korostaa ajatusta anteeksiannosta ja rauhan löytämisestä, kun Vedder laulaa:"Olen onnekas, että voin laskea molemmin käsin ne, joita rakastan."
"Daughter" on syvästi henkilökohtainen ja koskettava laulu, joka puhuu menetyksen ja surun universaalista kokemuksesta. Se muistuttaa syvästä vaikutuksesta, joka rakkaan kuolemalla voi olla elämäämme, ja rohkaisee meitä löytämään lohtua muistoista, joita pidämme rakkaina.