Näin Shadow Pokémon -järjestelmä toimii Xenogearsissa:
1. Varjopokémonin pyörtyminen: Voit pyörtyä taisteluissa Shadow Pokémonin, aivan kuten muutkin viholliset. Tämä ei itse asiassa "vangitse" heitä.
2. "Kaappauksen" todellinen merkitys: Varjopokémonin "vangitseminen" Xenogearsissa tarkoittaa heidän voittamista taistelussa ja sitten imeen heidän energiansa ja muistonsa omiin hahmoihisi . Tämä tehdään käyttämällä "Capture"-ominaisuutta , joka on tiettyjen hahmojen käytettävissä.
3. "Capture"-ominaisuus: "Capture"-kykyä ei opi tai osta; se on osa hahmon luontaisia kykyjä. Kun hahmo voi käyttää "Capture"-kykyä, voit nähdä erikoiskomennon taistelun aikana voitettuasi Shadow Pokémonin. Tämän komennon avulla voit imeä heidän energiansa ja muistonsa.
Siksi pyörtynyttä Shadow Pokémonia ei voi "saapua" uudelleen. Kun olet voittanut Shadow Pokémonin, joko imetät ne itseensä (Capturen avulla) tai ne ovat poissa ikuisesti.
Pelisuunnittelijat todennäköisesti valitsivat tämän järjestelmän korostaakseen menettämisen, uhrauksen ja taistelun pimeyttä vastaan teemoja, jotka ovat keskeisiä Xenogearsin tarinassa.