Pelissä valitset aloituspokémonisi kolmen joukosta:
* Chimchar (Tuli)
* Turtwig (ruoho)
* Piplup (vesi)
Peli ei salli sinun valita muita Pokémoneja, mukaan lukien Totodile, aloituskumppaniksesi.
Pelissä on kuitenkin tapoja kohdata Totodile ja olla vuorovaikutuksessa sen kanssa:
* Rekrytointi: Voit kohdata Totodilen seikkailujesi aikana ja mahdollisesti värvätä sen tiimiisi, kuten minkä tahansa muun Pokémonin.
* Kauppa: Voit vaihtaa Pokémoneja muiden pelaajien kanssa verkossa tai paikallisen langattoman yhteyden kautta, jolloin voit hankkia Totodilen.
* Erikoistapahtumat: Voi olla rajoitetun ajan tapahtumia tai ladattavaa sisältöä, joka esittelee uusia Pokémoneja, mukaan lukien Totodile.
Jotta voit pelata Totodilenä, sinun on etsittävä muita Pokémon Mystery Dungeon -pelejä tai fanien tekemää sisältöä.