* Yksittäiset vahvuudet ja heikkoudet: Eri Pokémonilla on erilaiset tilastot, liikkeet ja kyvyt, mikä tekee niistä parempia eri skenaarioissa.
* Koulutus ja tasot: Hyvin koulutettu ja korkeatasoinen Pokémon on aina vahvempi kuin matalan tason Pokémon lajista riippumatta.
* Pelaajan strategia ja taidot: Se, miten pelaaja käyttää Pokémoniaan taistelussa, voi vaikuttaa suuresti heidän tehokkuuteensa.
Joitakin Pokémoneja pidetään kuitenkin usein erittäin tehokkaina Pokémon Crystalissa niiden vahvojen tilastojen ja liikkumispoolien vuoksi:
* Mewtwo: Epäilemättä koko sarjan tehokkain Pokémon, Mewtwo on Psychic-tyyppinen, jolla on uskomattomat tilastot ja pääsy tehokkaisiin liikkeisiin, kuten Psychic ja Psybeam.
* Tyranitar: Tyranitar on pseudolegendaarinen Pokémon, jolla on valtava hyökkäys ja puolustus, ja se on voima, joka on otettava huomioon taisteluissa.
* Gyarados: Ainutlaatuisen Dragon Dance -liikkeensä ansiosta Gyarados voi tulla uskomattoman voimakkaaksi ja lakaista kokonaisia joukkueita.
* Dragonite: Toinen pseudolegendaarinen Pokémon, Dragonite on voimakas lentävä/lohikäärmetyyppi, jolla on loistava liikkumavara.
* Alakazam: Psychic-tyyppinen ja uskomaton erikoishyökkäys, Alakazam voi olla uskomattoman voimakas, kun sitä käytetään tehokkaasti.
* Snorlax: Vaikka Snorlax on hidas, siinä on uskomattoman paljon HP:tä ja puolustusta, mikä tekee siitä vaikean purkaa.
Viime kädessä Crystalin "tehokkain" Pokémon riippuu yksilöllisistä mieltymyksistä, pelityylistä ja kohtaamistasi haasteista.