Pelissä on 25 erilaista luontoa, joista jokaisella on omat positiiviset ja negatiiviset vaikutuksensa tiettyihin tilastoihin. Esimerkiksi Pokémonissa, jossa on Hardy Nature, ei ole tilastosäätöjä, kun taas Jolly Nature -luonnon omaavalla Pokémonilla on lisävauhti nopeuteen ja hidastettu erikoishyökkäys.
Luontojen ymmärtäminen ja hallinta on ratkaisevan tärkeää tehokkaan Pokémon-tiimin rakentamisessa, sillä ne voivat vaikuttaa Pokémonien yleisiin vahvuuksiin ja heikkouksiin. Pelaajat voivat kohdata ja värvätä Pokémoneja tiettyjen luontojen kanssa tutkiessaan vankityrmiä tai käyttämällä Wonder Mail -ominaisuutta yhteydenpitoon muiden pelaajien kanssa.