Loppu 1:Legendaarinen duo (kumppani:Pikachu)
* Kumppani: Pikachu
* Viimeinen taisteluvalinta: Hyväksy tarjous tullaksesi uudeksi Legendaariseksi Duoksi
Tämä loppu näyttää sinusta ja Pikachusta tulossa uusi Legendaarinen Duo, jonka tehtävänä on suojella maailmaa pimeydeltä. Se on onnellinen loppu, mutta se merkitsee myös raskasta vastuuta ja jatkuvaa sitoutumista pelastusryhmän elämään.
Loppu 2:Pelastustiimin matka jatkuu (kumppani:mikä tahansa muu Pokémon)
* Kumppani: Mikä tahansa muu Pokémon kuin Pikachu
* Viimeinen taisteluvalinta: Hylkää tarjous tulla uudeksi Legendaariseksi Duoksi
Tämä lopetus keskittyy pelastusryhmäsi jatkuvaan seikkailuun ja korostaa joukkueen vahvaa sidettä ja heidän jatkuvaa omistautumistaan muiden auttamiseen. Se näyttää sinun ja kumppanisi jatkavan avun tarpeessa olevien Pokémonien auttamista ja tutkivan maailmaa yhdessä.
Tärkeä huomautus:
* On tärkeää huomata, että valinta tulla legendaariseksi duoksi on käytettävissä vain, kun pelaat Pikachun kanssa kumppanina.
* Vaikka jokaisella kumppanilla on ainutlaatuinen dialogi ja persoonallisuus, tarinan yleinen kaari ja valinnat pelissä pysyvät samoina valitusta kumppanista riippumatta.
Riippumatta siitä, minkä lopun saat, molemmat päätteet esittelevät Pokemon Mystery Dungeon Rescue Teamin täyttävää ja merkityksellistä matkaa korostaen ystävyyden, ryhmätyön ja itsensä uhrautumisen teemoja.