Tässä on mitä tiedämme Megalodonin sukupuuttoon:
* Todennäköisin syy on ilmastonmuutos: Myöhäis-mioseeni- ja plioseenikausi näki merkittävää jäähtymistä ja muutoksia merivirroissa. Tämä vaikutti Megalodonin saaliin, pääasiassa valaiden, saatavuuteen.
* Kilpailu muiden petoeläinten kanssa: Myös muiden suurten petoeläinten, kuten valkohain, ilmaantuminen olisi voinut painostaa Megalodonia.
* Tauti: Vaikka epätodennäköisyys on pienempi, on mahdollista, että jokin sairaus tai loinen olisi voinut vaikuttaa Megalodonin vähenemiseen.
* Vaikutustapahtumat: Vaikka se ei ole suora syy, jotkut tutkijat uskovat, että suuret vaikutustapahtumat ovat saattaneet vaikuttaa Megalodonin sukupuuttoon.
On tärkeää huomata, että tarkat syyt Megalodonin sukupuuttoon kiistelevät edelleen tutkijoiden keskuudessa. Yllä lueteltujen tekijöiden yhdistelmä on kuitenkin yleisesti hyväksytty todennäköisimpänä selityksenä.