Matilda joutuu myös kohtaamaan koulunsa tyrannillisen rehtorin, Miss Trunchbullin, kanssa, jonka ankarat ja sortavat menetelmät luovat oppilaille vihamielisen ympäristön. Matilda ryhtyy päättäväisesti vastustamaan häntä käyttämällä poikkeuksellisia henkisiä voimiaan, mukaan lukien telekineesia, paljastaakseen neiti Trunchbullin julmuuden ja epäpätevyyden ja saadakseen aikaan myönteisiä muutoksia koulussa.
Toinen hänen kohtaamansa ongelma on saada oikeutta Miss Honeylle, hyväsydämiselle opettajalle, jota Miss Trunchbull on kohdellut huonosti. Matildan pyrkimykset auttaa neiti Honeya johtivat lopulta Miss Trunchbullin eroon ja onnellisempaan ympäristöön koulun oppilaille.