Danforth oli mukana kokeissa alusta alkaen ja oli läsnä monissa tutkimuksissa ja kuulemisissa. Hän kuulusteli usein syytettyjä ja painosti heitä tunnustamaan syyllisyytensä. Hän osallistui myös syytettyjen tuomitsemiseen, ja hän allekirjoitti monet kuolemantuomiot.
Historioitsijat ja lakiasiantuntijat ovat arvostelleet laajasti Danforthin toimia oikeudenkäyntien aikana. Häntä pidetään usein symbolina Salemin noitaoikeudenkäyntien ylilyönneistä ja vaaroista, joita syntyy, kun hysteria ja ennakkoluulot syrjäyttää järkeä ja oikeudenmukaisuutta.