1. Hallituksen salaliitto :Bourne oli alun perin korkeasti koulutettu CIA:n salamurhaaja, joka tunnettiin nimellä "David Webb". Kuitenkin sen jälkeen, kun petollinen operaatio meni pieleen, hän kärsi muistinmenetyksestä ja hänestä tuli siviili, jolla ei ollut muistia menneisyydestään. CIA ja muut valtion virastot pyrkivät eliminoimaan hänet peitelläkseen Treadstone-ohjelman salaisuudet. Salainen black ops -projekti loi Bournen ja muut hänen kaltaiset salamurhaajat.
2. Blackbriar :Blackbriar on entisten CIA:n virkamiesten muodostama Treadstonen seuraajaorganisaatio. He haluavat hallita Bournea ja käyttää hänen taitojaan omiin salaisiin operaatioihinsa. Bournesta tulee kuitenkin uhka heidän suunnitelmilleen riippumattoman luonteensa ja heidän toimintansa paljastamisen vuoksi.
3. Kirill ja Venäjän hallitus :Joissakin tapauksissa Bournen toiminta on ristiriidassa Venäjän hallituksen, erityisesti Kirill-hahmon, etujen kanssa. Kirill on korkea-arvoinen venäläinen tiedusteluupseeri, joka haluaa kostaa Bournelle menneistä teoista, joihin liittyi läheisten kuolema. Hän pitää Bournea henkilökohtaisena vihollisena ja yrittää eliminoida hänet.
4. Henkilökohtainen vihamielisyys :Kun Bourne paljastaa totuuden menneisyydestään ja häntä ympäröivistä salaliitoista, hän kohtaa henkilöitä, jotka kehittävät henkilökohtaisen koston häntä vastaan. Nämä henkilöt voivat olla entisiä työtovereita tai vihollisia, jotka tuntevat olevansa Bournen toiminnan pettäneet tai kärsineet vääryyttä, mikä motivoi heitä etsimään kostoa.
On tärkeää huomata, että syyt haluta tappaa Bourne vaihtelevat riippuen Bourne-sarjan kirjojen tai elokuvien erityisistä juonilinjoista, eivätkä kaikki nämä syyt välttämättä ole läsnä jokaisessa tarinassa.