1. Liisa herääminen :Hotaru on Special Ability -käyttäjä, joka tunnetaan myös nimellä Liisa, jolla on harvinainen Sensory Link Alice. Hänen Alicensa antaa hänen havaita ja muodostaa yhteyden muiden mieleen. Hän herättää Alicensa nuorena.
2. Kaappaus ja vangitseminen :Alicen mahdollisen vaaran ja arvaamattomuuden vuoksi Hotaru joutuu "Zero"-nimisen ryhmän vangiksi pienenä lapsena. Hän on vangittuna erityisessä tutkimuslaitoksessa, jossa hänen Alicellaan tehdään kokeita.
3. Natsumen pelastus :Lopulta Hotarun pelastaa Natsume Hyuga, Alice Academyn Special Ability Teamin (SAT) opiskelija, joka tunnistaa hänen potentiaalinsa ja haluaa auttaa häntä hallitsemaan Aliceaan.
4. Liisa-akatemiaan ilmoittautuminen :Hotaru ilmoittautuu menestyksekkäästi Alice Academyyn, jossa hän liittyy B-luokkaan. Vaikeasta menneisyydestään huolimatta hän alkaa saada ystäviä ja löytää paikan, johon kuuluu.
5. Liisan potentiaalin tutkiminen :Kun Hotarun aika akatemiassa edistyy, hän saa vähitellen paremman hallinnan Sensory Link Aliceaan. Hän huomaa, että hän ei voi vain havaita ajatuksia, vaan myös manipuloida niitä jossain määrin.
6. Sisäisten konfliktien käsittely :Hotaru kamppailee sisäisten demoniensa ja eristyneisyyden tunteidensa kanssa voimakkaan ja ainutlaatuisen Alicensa vuoksi. Hän käy läpi henkilökohtaista kasvua ja itsensä löytämistä, kun hän oppii hyväksymään ja omaksumaan itsensä sellaisena kuin hän on.
7. Rakkaus :Hotaru kehittää romanttisia tunteita Yuuto Kibaa, toista SAT-jäsentä kohtaan. Heidän suhteensa kohtaa haasteita ja ongelmia, jotka johtuvat heidän Liisa-kyvyistään ja osallistumisesta erilaisiin tehtäviin ja konflikteihin.
8. Sivut SAT:lle :Kun Hotaru oppii paremmin Sensory Link Alicensa kanssa, hänellä on yhä tärkeämpi rooli SAT-tehtävissä ja tutkimuksissa. Hänen kykynsä osoittautuvat korvaamattomiksi tiedon keräämisessä ja vastustajien aikomusten ymmärtämisessä.
9. Osallistuminen Key Story Arcseihin :Hotaru on suoraan mukana useissa merkittävissä tarinan kaarissa koko sarjan ajan. Nämä kaaret pyörivät usein voimakkaiden Alice-kykyjen, salaisten organisaatioiden ja Alice-akatemiaa ja koko maailmaa koskevien uhkien ympärillä.
10. Kohtalo ja loppu :Hotarun lopullinen kohtalo riippuu Alice Academyn tarinan tietystä versiosta tai polusta. Joissakin lopuissa hän voittaa haasteensa menestyksekkäästi, löytää onnen ystäviensä ja rakkaittensa kanssa ja jatkaa kasvuaan Alice-käyttäjänä.