* Ulkonäön perusteella arvioimisen vaarat: Tarina korostaa, kuinka helposti ensivaikutelma voi johtaa meidät harhaan. Lukija epäilee poliisin tavoin viatonta Charles McCarthya alun perin hänen karkean ulkonäkönsä ja sen perusteella, että hän riiteli isänsä kanssa.
* Totuuden ja oikeuden etsimisen tärkeys: Tarina korostaa tarvetta katsoa pinnallisten tuomioiden ulkopuolelle ja kaivaa totuuteen, olipa se kuinka epämiellyttävää tai epämukavaa tahansa. Holmesin menetelmällinen tutkimus paljastaa todellisen syyllisen ja osoittaa, että oikeutta ei voida saavuttaa olettamuksilla.
* Ahneuden ja itsekkyyden seuraukset: Tarina osoittaa, kuinka hallitsematon ahneus ja itsekkyys voivat johtaa tuhoisiin seurauksiin. Perinnön halusta johtuva murha korostaa ahneuden tuhoavaa voimaa.
* Ihmissuhteiden hauraus: Tarina tutkii isien ja poikien monimutkaisia ja usein kireitä suhteita. Charlesin ja hänen isänsä välinen jännite, joka huipentuu tragediaan, osoittaa perhesiteen haavoittuvuuden.
* Kriittisen ajattelun ja havainnoinnin tärkeys: Holmesin menestys mysteerin ratkaisemisessa on hänen kykynsä tarkkailla yksityiskohtia ja analysoida todisteita. Hän rohkaisee lukijaa ajattelemaan kriittisesti ja olemaan hyväksymättä esiintymisiä nimellisarvolla.
Viime kädessä Boscombe Valley Mysteeri toimii muistutuksena siitä, että ulkonäkö voi pettää ja että todellinen oikeudenmukaisuus vaatii huolellista tutkimusta ja halukkuutta kyseenalaistaa olettamukset. Se korostaa totuuden ja oikeuden etsimisen tärkeyttä, vaikka se olisi epämiellyttävää, ja seurauksia siitä, että ahneuden ja itsekkyyden sallitaan hämärtää tuomiomme.