* Harry Potter, nuori velho, joka edustaa hyvää: Hänen tehtävänsä on estää Lordi Voldemortia hankkimasta viisasten kiveä, voimakasta maagista esinettä, joka antaisi kuolemattomuuden ja valtavan voiman.
* Herra Voldemort, pimeyden lordi, joka edustaa pahaa: Hän on pakkomielle saada takaisin menetetyn ruumiinsa ja voimansa, ja näkee viisauden kiven avaimena tämän saavuttamiseen.
Tätä keskeistä konfliktia vaikeuttaa entisestään:
* Uhka Tylypahkalle ja velhomaailmalle: Voldemortin tavoittelema Kiveä vaarantaa koko maagisen yhteisön, koska hän on armoton ja tuhoisa voima.
* Harryn henkilökohtainen kamppailu: Hänen on tultava toimeen omien maagisten kykyjensä kanssa ja kohdattava totuus vanhempiensa kuolemasta ja yhteydestään Voldemortiin.
* Muiden hahmojen sisäiset taistelut: Hahmot, kuten Kalkaros, Dumbledore ja jopa Ron ja Hermione, kamppailevat omien sisäisten ristiriitojensa ja motiiviensa kanssa, mikä lisää tarinan monimutkaisuutta.
Harry Potter ja viisasten kiven konflikti ratkeaa, kun Harry ystäviensä avulla voittaa Voldemortin ja estää häntä saamasta Kiveä. Tämä voitto vahvistaa Harryn sankariksi ja luo alustan hänen tuleville taisteluilleen pimeyden voimia vastaan.