Jotkut historioitsijat uskovat, että Hissiä vastaan esitetyt syytökset olivat oikeita ja että hän oli itse asiassa Neuvostoliiton vakooja. He viittaavat Chambersin esittämiin todisteisiin, mukaan lukien asiakirjat, jotka Chambers väitti Hissin hänelle antaneen. He huomauttavat myös, että Hissin läheinen yhteistyö tunnettujen kommunistien kanssa ja hänen kieltäytyminen tekemästä täysimääräistä yhteistyötä FBI:n kanssa tutkinnan aikana ovat vakoojan käytöksen mukaisia.
Muut historioitsijat uskovat, että Hissiä vastaan esitetyt syytökset olivat vääriä ja että hän joutui poliittisen koston uhriksi. He viittaavat siihen tosiasiaan, että Chambersin todistus oli usein ristiriitainen ja ettei koskaan esitetty mitään lopullista todistetta sen osoittamiseksi, että Hiss todella oli välittänyt salaista tietoa neuvostoille. He huomauttavat myös, että Hiss oli uskollinen ja omistautunut valtion työntekijä, jolla oli pitkä palveluhistoria maansa hyväksi.
Viime kädessä kysymys Alger Hissin syyllisyydestä tai viattomuudesta on historiallisen keskustelun kysymys. Väitteen molempia puolia tukevat todisteet, ja on todennäköistä, että totuutta ei koskaan tiedetä varmasti.